La recherche sur l'embryon est actuellement interdite en France. À titre dérogatoire et pour cinq ans, la loi de bioéthique 2004-800 du 6 août 2004, dont les décrets d'application ont été publiées le 6 Février 2006, permet cependant la réalisation de recherches à finalité thérapeutique dans des conditions extrêmement contrôlées. Ces travaux de recherche sont strictement encadrés par l'Agence de la biomédecine qui s'assure à chaque étape de leur conformité avec le cadre légal et les règles éthiques.
Ainsi, l'ensemble des recherches menées sur les lignées de cellules souches embryonnaires humaines, comme sur les cellules de phénotypes divers dérivées de ces lignées doit viser à l'élaboration ou à la validation de thérapeutiques applicables à des maladies graves. I-STEM ne participe, directement ou indirectement, qu'à des programmes autorisés par l'Agence de la biomédecine et réalisés sous son contrôle.
Le laboratoire, dans le cadre du projet I-Stem, a bénéficié de la première autorisation, par l'Agence de Biomédecine, d'importation en France de lignées hES provenant de l'étranger conformément au dispositif législatif actuel. Inspecté par l'Agence en juin 2007, I-Stem a bénéficié d'un rapport entièrement favorable, sans demande de modification, tant pour ses installations, ses procédures que pour le respect de ses engagements de projets.