Génomique fonctionnelle
Equipe :
Sandrine Baghdoyan : Ingérieur de Recherche (INSERM)
Delphine Laustriat : Doctorante
Jacqueline Gide : Ingénieur associé (CECS)
Laetitia Barrault : Ingénieur associé (CECS)
Ting Ting Qing : Post-Doctorante
Thématiques :
Notre équipe développe des outils technologiques dédiés à l’étude des maladies monogéniques.
Notre activité se décline en trois catégories :
● Les cribles de génomique fonctionnelle par surexpression et extinction de gènes dédiés aux maladies monogéniques.
● Le criblage de microRNA différentiellement exprimés dans des maladies monogéniques.
● Le développement de modèles cellulaires inductibles de lignées de cellules souches embryonnaires pathologiques pour l’étude des maladies monogéniques.
Actuellement, la preuve de principe de l’ensemble de ces approches est réalisée sur la Dystrophie Myotonique de type 1 (DM1) aussi appelée Maladie de Steinert.
Cribles de Génomique fonctionnelle dédiés à la Maladie de Steinert :
Nous travaillons sur des lignées de cellules souches embryonnaires humaines porteuses de la mutation causale de la Dystrophie Myotonique de type 1. Ces lignées sont caractérisées au laboratoire par l’équipe « Maladies Neuromusculaires » d’I-Stem dirigée par le Dr Geneviève Piétu qui valide l’expression de différents phénotypes cellulaires ou moléculaires caractéristiques de la pathologie à la fois dans les cellules hES indifférenciées et dans leurs différentes progénies. Notre approche vise à identifier des gènes capables de perturber l’expression du phénotype mutant dans une progénie mésodermique issue d’une lignée de hES DM1. Dans ce but, nous développons des cribles aux formats de plaques à 96 et 384 puits de transfection massivement parallèle de banques de siRNA (collaboration Plateforme PARI) et de vecteurs d’expression plasmidiques (collaboration Genoscope) afin de tester l’effet de l’extinction ou de la surexpression systématique de gènes humains sur le phénotype mutant DM1.
Criblage de microRNA associés à la Maladie de Steinert :
En collaboration avec Xavier Nissan de la plateforme de PCR quantitative d’I-Stem, nous comparons les profils d’expression de 365 microRNA extraits d’une lignée de hES DM1 à ceux extraits d’une lignée de hES « natives ».Nous avons identifié un groupe de microRNA fortement induits dans les hES DM1 mais aussi dans différents tissus de patients atteints de DM1. Des essais fonctionnels seront entrepris afin d’explorer la relation entre l’expression de ces microRNA et l’expression des phénotypes cellulaires et moléculaires de la DM1 dans les hES et leurs progénies.
Développement d’un modèle de hES DM1 inductible pour l’étude de la Maladie de Steinert :
Les cribles de siRNA, cDNA et microRNA nous permettront d’identifier des cibles moléculaires dont l’implication dans la DM1 devra être confirmée.
Dans ce but, nous développons une lignée de hES génétiquement modifiée par l’introduction d’une construction permettant l’expression contrôlée d’un minigène capable d’induire les dommages cellulaires associés à la DM1.
Cette construction fournie par le Pr Tom Cooper, Baylor College of Medecine, Houston, Texas, USA a été validée in vivo dans un modèle de souris transgénique de la DM1 (Orengo, JP., PNAS, 2008).
Un tel modèle cellulaire inductible de la DM1 permettra de comparer l’impact de la surexpression ou l’extinction d’un gène dans des populations de cellules « natives » ou mutantes partageant le même fond génétique, ne différant que par l’expression du gène mutant
Dans ce but, nous développons une lignée de hES génétiquement modifiée par l’introduction d’une construction permettant l’expression contrôlée d’un minigène capable d’induire les dommages cellulaires associés à la DM1.
Cette construction fournie par le Pr Tom Cooper, Baylor College of Medecine, Houston, Texas, USA a été validée in vivo dans un modèle de souris transgénique de la DM1 (Orengo, JP., PNAS, 2008).
Un tel modèle cellulaire inductible de la DM1 permettra de comparer l’impact de la surexpression ou l’extinction d’un gène dans des populations de cellules « natives » ou mutantes partageant le même fond génétique, ne différant que par l’expression du gène mutant
