Dans sa phase initiale de lancement sur les deux années 2005-2006, les dépenses d'investissement et d'exploitation d'I-STEM ont atteint 7,2 M€.
Le budget prévisionnel 2007 d'I-Stem s'élève à 6,8 M€.
Les chiffres clés de financement de l'Institut sont présentés dans les schémas suivants :